Роден е през 1865 г. в с.Устово, Смолянско (днес квартал на Смолян). Педагог, книжовник, народовед. От 1906 година живее и работи в Пловдив - последователно е учител в Първа прогимназия, гимназия „Александър I, Френския колеж „Св. Августин. Подчертани са интересите му в областта на етнологията.
Още през 1892 година, заедно с други родопчани, участва в експозицията на „Костюмния павилион в Първото българско земеделско-промишлено изложение. По негова инициатива през 1917 година се поставя началото на Областен етнографски музей (сбирка), с основна цел „да събере всички документи по културната и политическата история на областта и да представи в пълнота фолклора в Пловдивско.
Заедно с Васил Дечев и Горчо Мерджанов, той е един от редакторите на месечното списание за наука, обществени знания и народни умотворения „Родопски напредък (1903-1912), издавано от четвъртата си годишнина (1906) в Пловдив. Автор е на изследванията Етнографско-историческо значение на манастирите в Пловдивската епархия (1922), Пловдив в своето минало и настояще (1926), Участието на Пловдив епархията му в борбата за черковния въпрос и Възраждането (1930), Значение и развитие на девическото образование в Пловдив (1930).
Като общественик, Стойо Шишков е един от основоположниците на туристическото движение в града.