Завършва естествена история в Лайпциг. През 1880-1881 и отново през 1894-1900 година е учител в гимназия Св. Св. Кирил и Методий (Жълтото училище), по-късно гимназия Александър I в Пловдив.
Заедно с брат си Карел Шкорпил и В. Добруски създават в гимназията голяма археологическа и нумизматична сбирка, залегнала в основите на пловдивския археологически музей.
Книгата на братя Херменгилд и Карел Шкорпил, `Могили`, (С., ИК Сфера, 1999. 178 с. ISBN 954-9803-04-X.), издадена в края на 19-ти век, е настолно четиво на българските археолози и досега. Тя съдържа научните изследвания на братя Шкорпил за многобройните могили по българските земи.
Едновременно изследва историята, археологията, флората и фауната на Родопите. Между ранните му публикации е изследването `Върху пловдивската флора` (1897). Във времето до 1900 г. са публикувани редица данни за пещерите в България, но най-впечатляващи са тези, съдържащи се в трудовете на братя Шкорпил `Изкопаеми богатства изнамерени в целокупна България` (1882), `Природни богатства в целокупна България` (1884) и `Кражки явления в България` (1900), в които се съобщават и описват десетки пещери.
Херменгилд Шкорпил (1858 – 1923) издава една книжка в две издания, с обобщения на минералните богатства на България (1882; 1884). Тези пионерски обобщения поставят базата за началото на научните изследвания на българските минерали. От изключителен интерес за науката са и неговите изследвания на паднали метеорити.
Името на Хермин Шкорпил остава завинаги свързано с археологическата местност Джанавара (община Варна). В Джанавара, по време на втората световна война, е разкопан раннохристиянски комплекс, където е открита е уникална по план раннохристиянска църква от 5-ти век. Хермин Шкорпил умира през 1923 год., и е погребан точно там.
Още за братя Шкорпил може да прочетете на следните адреси: