Чех по произход. Завършва физико-математическия факултет на Пражкия университет. Педагог; археолог, музеен деец. От 1882 до 1886 година е учител по математика в гимназия Св. св. Кирил и Методий (Жълтото училище), по-късно гимназия Александър I в Пловдив; преподава също и в Девическата гимназия. Заедно с брат си Xерменгилд Шкорпил и В. Добруски създават в гимназията Св. св. Кирил и Методий голяма археологическа и нумизматична сбирка, залегнала в основите на пловдивския археологически музей.
Едновременно се посвещава н археологията; изучава археологическите паметници в Южна България. През 1885 година обнародва книгата `Някои бележки върху археологическите историческите изследвания в Тракия`. През 1894 година се установява във Варна. Той е един от основоположниците на българската археологическа наука, епиграфика и музейно дело; от 1918 година е действителен член на БАН.
Книгата на братя Херменгилд и Карел Шкорпил, Могили, (С., ИК Сфера, 1999. 178 с. ISBN 954-9803-04-X.), издадена в края на 19-ти век, е настолно четиво на българските археолози и досега. Тя съдържа научните изследвания на братя Шкорпил за многобройните могили по българските земи.
Във времето до 1900 г. са публикувани редица данни за пещерите в България, но най-впечатляващи са тези, съдържащи се в трудовете на братя Шкорпил `Изкопаеми богатства изнамерени в целокупна България` (1882), `Природни богатства в целокупна България` (1884) и `Кражки явления в България` (1900), в които се съобщават и описват десетки пещери.
Карел Шкорпил умира на 10 март 1944 г. в София и е погребан в древната българска столица Плиска.
Още за братя Шкорпил може да прочетете на следните адреси: