Роден в Бургас през 1948 година. Асистент на Херберт фон Караян при концерти и опери в Залцбург и Берлин. Емил Чакъров дирижира Берлинската филхармония, Бостънския симфоничен оркестър, Израелския филхармоничен оркестър, Националния оркестър на Франция, Лондонския симфоничен оркестър и др. От 1974 до 1977 година е диригент на Пловдивската филхармония.
През годините той периодично работи с Ленинградската филхармония. Осъществява с нея няколко записа, дирижира я е по време на концерти в Ленинград и в турне из Западна Германия, Австрия и Италия и др. На 1 септември 1989 година Емил Чакъров е назначен за главен гост-диригент на Ленинградската филхармония.
Работата на Емил Чакъров като оперен диригент включва представления в Ковънт Гардън, в Метрополитен опера, в Театър Сан Карло в Неапол, във Фениче Театър във Венеция, в Хюстън и др.
През 1986 г. Емил Чакъров открива Новогодишния фестивал в София, който впоследствие ежегодно се провежда с международно участие на артисти и музиканти. По негова инициативата се създава Софийският фестивален оркестър, който той дирижира за аудио и видео записи, а също и по време на фестивала.
Починал след кратко боледуване на 4 август 1991 година, на 43-годишна възраст, в Париж.