По време на Унгарската революция от 1956 г., правителството ръководено от Имре Наги обявява оттеглянето на Унгария от Варшавския договор. В отговор, съветски войски нахлуват в Унгария и смазват бунта за две седмици, използвайки Варшавския договор за оправдание. Другите страни от Варшавския договор не участват във военната намеса.
Силите на Варшавския договор са използвани няколко пъти, като по време на Пражката пролет от 1968 г., когато те нахлуват в Чехословакия за да сложат край на реформисткото движение водено от правителството на Александър Дубчек.
Началникът на военния отдел на Чехословашката комунистическа партия, Генерал-лейтенант Вацлав Пръчлик в телевизионна новинарска конференция изобличава Варшавския договор като неравноправен съюз и обявява че чехословашката армия е готова да защитава суверенитета на страната със сила, ако е необходимо. На 20 август 1968 г. групировка състояща се от 23 дивизии на съветската армия влиза в Чехословакия. В нахлуването участват също 1 унгарска, 2 Източногермански и 2 Polish дивизии както и 1 Българска бригада. Румъния отказва да предостави войски. ГДР не влиза в Чехословакия, тъй като ръководството на ВД не иска чехите да направят паралел с нацисткото нахлуване.
Това нахлуване се обяснява от доктрината на Брежнев, според която Съветският съюз си запазва правото да се намесва в страните от ВД за които има "опасност да се отклонят" от учението на комунизма, особено обвинените в намерение за промяна към капитализъм.
След нахлуването в Чехословакия, Албания формално напуска договора, макар че е престанала да го подкрепя още през 1962 г. Румънският генерален секретар Николае Чаушеску обявява нахлуването както за нарушаване на международното право, така и за принципа на ВД за взаимна ненамеса във вътрешните работи. Той заявява че колективната самозащита срещу външна агресия е единствената цел на Варшавския договор.
Страните от НАТО и Варшавския договор никога не влизат в бой един срещу друг, но водят Студена война повече от 35 години често във войни чрез посредник. През декември 1988 г. съветският генерален секретар Михаил Горбачов предлага така наречената Доктрина на Синатра която гласи че [Доктрина на Брежнев|доктрината на Брежнев]] ще бъде изоставена и че централноевропейските страни ще получат самостоятелност. Когато става ясно че Съветският съюз няма вече да използва сила за да контролира страните от Варшавския договор, през 1989 г. в Централна Eвропа започва поредица от бързи промени и световният комунизъм рухва.
Когато Германия се обединява на 3 октомври 1990 г., обединена Германия де юре е член на НАТО и Варшавския договор едновременно.
Новите правителства в Централна Европа не поддържат Варшавския договор и през януари 1991 Чехословакия, Унгария и Полша обявяват че ще оттеглят подгрепата си на 1 юли същата година. България подкрепя искането през февруари и става ясно че ВД на практика е мъртъв.
На снимката - сцена от кръвролитията, дело на Варшавскиият съюз, по време на Пражката пролет