Д-р Иван Милков Чомаков е роден на 15 октомври 1953 г. в гр. Пловдив. Средно образование получава в гимназия “Д. Благоев”. През 1971 – 1973 г. отбива редовна военна служба в град Смолян.
През 1979 г. завършва медицина във ВМИ-Пловдив. От 1979 г. до 1981 г. работи по разпределение в град Мадан. След асистентски конкурс от 1981 до 1997 г. работи като главен асистент в катедрата по анестезиология и реанимация на ВМИ-Пловдив. През 1985 г. специализира в клиниката по сърдечна хирургия на проф. Чирков. Има 23 научни публикации.
От 1997 г. е народен представител от 16 многомандатен избирателен район Пловдив-град, в 38-то Народно събрание и регионален лидер на Съюза на демократичните сили – Пловдив. На проведените избори за местни органи на държавната власт на 16 октомври 1999 г. като кандидат на СДС и коалиция д-р Чомаков е избран за кмет на Пловдив.
На проведените избори за местни органи на държавната власт през 2003 година като кандидат на ОДС д-р Чомаков печели втори мандат и е първият кмет на Пловдив от демократичните промени до сега, който получава втори мандат на управление.
Д-р Иван Чомаков е семеен, с две деца.